식중독은 오염된 음식이나 음료를 마시는 것에 의해서 생기는 질병이다. 예를 들면, 박테리아, 기생충, 바이러스와 같은 유해한 미생물로 인해 오염된 음식을 먹으면 식중독이 생긴다.

유해한 미생물이 확산되는 가장 일반적인 방법으로는 다음과 같다:

음식을 하는 도중. 우리가 음식을 위해 사용하는 건강한 동물의 창자에서 박테리아가 발견되는 것은 평균적인 일이다. 만약 음식을 하는 도중 고기 또는 조류와의 접촉을 통해 박테리아가 온다면, 이것들이 음식을 오염시킬 수 있다. 캄필로박터(Campylobacter), 살모넬라(salmonella), 대장균(E. coli)이 종종 이와 같은 방법으로 옮겨진다. 미국 질병통제센터(U.S. Centers for Disease Control and Prevention)의 한 실험에서는 캄필로박터균이 실험에 사용한 익히지 않은 닭고기의 절반 가까이에 들어있었다는 것을 밝혔다.
음식을 재배할 때. 신선한 과일과 야채는 가축분퇴비(animal manure), 인간오수(human sewage)로 오염된 물을 주거나 씻는 것으로 오염될 수 있다. 포도상구균 식중독(Staph food poisoning), 대장균, 적리(shigellosis)는 종종 오염된 물을 통해 퍼진다.
음식을 다룰 때. 감염이 되어 있는 사람이 음식을 다룰 때 혹은 다른 오염된 제품들과 접촉할 때 오염될 수 있다. 예를 들어, 만약 야채와 날고기를 같은 도마위에서 자른다면, 야채들은 오염시킬 수 있는 위험성이 있다.
환경을 통해. 일반적으로 흙(dirt), 먼지(dust), 물에서 찾을 수 있는 유해한 미생물들은 우리가 먹는 음식에서도 찾을 수 있다. 이러한 미생물들에는 클로스트리디움 보툴리늄(Clostridium botulinum), 클로스트리듐 페르프린젠스(Clostridium perfringens), 작은와포좌충(Cryptosporidium parvum)이 포함되어 있다. 환경적 조건으로는 농장에서 유출되는 오염된 물이 이러한 종류의 감염을 일으킬 것이다.